Bảo tàng quốc gia Kraków lần đầu tiên được đặt tại tầng trên của tòa nhà Phục hưng Sukiennice tọa lạc tại Quảng trường chính trong Khu phố cổ Kraków, hiện là nhà của một trong những khu vực nổi tiếng nhất trong thành phố. Việc xây dựng Tòa nhà chính mới đương đại của Bảo tàng tọa lạc tại số 3 đường Maja, bắt đầu vào năm 1934, nhưng đã bị gián đoạn bởi Thế chiến II. Nó được hoàn thành chỉ trong năm 1992, sau sự sụp đổ của Khối phía Đông.[1] Các bộ sưu tập - bao gồm tổng cộng vài trăm nghìn mặt hàng - được lưu giữ phần lớn trong Tòa nhà chính nơi đặt văn phòng hành chính, nhưng cũng nằm trong 9 bộ phận của nó xung quanh thành phố.[1]

Trong Thế chiến II, bộ sưu tập đã bị quân xâm lược phát xít Đức cướp phá.[3] Sau chiến tranh, Chính phủ Ba Lan đã thu hồi nhiều công trình bị quân Đức chiếm giữ. Vẫn còn hơn 1.000 hiện vật đang mất tích, trong đó có cuộc chiến giữa Carnival và Mùa Chay (mà chính quyền Ba Lan cho là đã bị đánh cắp vào năm 1939 bởi những kẻ xâm lược Đức, họ cho rằng chúng đã bị lấy đi và bán tại Vienna, và hiện đang cư trú tại Bảo tàng Kunsthistorisches có) bởi Pieter Bruegel the Elder (được tặng cho Bảo tàng vào năm 1937 bởi Stanisław Ursyn-Rusiecki) và những hiện vật vô giá khác.[3][4]